康熙皇帝除掉权臣鳌拜后，还有一件事一直吊在心头，那就是南方的三个藩王，也就是大名鼎鼎的吴三桂、尚可喜、耿仲明，这三个都是十分老奸巨猾的人，因为他们镇压农民起义、灭掉南明政权，为清朝立下了不小的功劳，因此都被封为了异姓王爷，这三个王爷被康熙皇帝认为是心腹大患。
其中，吴三桂被封为平西王，军队驻扎在云南和贵州，尚可喜被封为平西王，军队驻扎在广东，耿仲明被封为靖南王，军队驻扎在福建。这三个藩王在当地势力滔天，特别是吴三桂十分骄横跋扈，根本不把朝廷放在眼里，他擅自委任官员，完全控制了云贵的兵权和财政，俨然把自己当成皇帝，只差公然造反了。
老奸巨猾的吴三桂自然明白他这么做，难免会引起朝廷的不满，为了试探康熙皇帝的态度，便假装上疏说他人老眼花、精力不济，请求辞职休养。年轻的康熙皇帝此时在政治上还比较年轻，没看出吴三桂的真正用意，很欣然地同意了，这让吴三桂十分不爽。
后来，平南王尚可喜上表给康熙，说他年龄大了，想要回辽东养老，请求康熙让他的儿子尚之信继续镇守广东。结果康熙皇帝答应了他第一个请求，但却拒绝了第二个请求，同时康熙下定决心撤藩。
此时，吴三桂主动请求移藩，他的目的是其实是希望朝廷能让他继续镇守云贵，可是康熙皇帝却答应了他移藩的请求。这个时候，吴三桂知道康熙皇帝是铁了心要收拾他了，于是便联合尚可喜和耿仲明，一起扯起了反清复明的大旗，开始公然造反。
三藩之乱才开始的时候，清军基本上是节节败退，长江之南的地盘基本上都被吴三桂他们占领了，他的军队已经发展到了四十多万人。可惜吴三桂大概是真的老了，此时他已经已经没有当初的雄心壮志，他只想偏安一隅，做一个逍遥皇帝，因此贻误了宝贵的战机。后来等到康熙喘过一口气来，他顺利稳住了尚之信和耿精忠后，开始对吴三桂发动反攻，结果吴军开始落于下风。
形势一天比一天糟糕，吴三桂气得生了一场大病，结果一命呜呼。这之后，吴军失去了最高统帅，各自为战，结果被清军一一突破，三藩之乱就此平定。吴三桂失败的原因，是在他军力最强盛的时候，他没有选择挥师北上，不然鹿死谁手，改朝换代也未可知。
