一般认为农民起义无非是官逼民反造成的，但是在明末不单单是这样（事实上，任何的动乱都有其深层的因素，而不单单是腐败和道德沦丧所能简单概括的）。长期的原因还要追述到陕西地区贸易的衰落。专制王朝腐败无能无论在什么时代总是一样的，唯一兴亡的关键是：财政制度与实际脱节。王朝无法全面改革，导致全盘失败。
陕西是一个半农半牧的地区，缺乏对外贸易物资（如丝绸，茶叶，陶瓷等等）。而农业生产也只能维持部分的基本生活需求。但是陕西在明朝前中期却拥有绝对的对外陆上贸易口岸的优势地位，贸易主要是以茶叶换取马匹（所谓的茶马贸易，因为茶叶是西北游牧民族的生活必须物资）。贸易流程来说：就是四川，湖广地区的茶叶经过贩运到陕西地区集中，然后在边境管理官员监控下进行互市交易，以换取牲畜（主要是马匹）和金银等贵金属;贸易必定要使得服务业跟进，也就是说很多金银等会被当地服务业（如钱庄，餐饮，住宿等等）所吸纳。这样的财政或者是民间收入又可以使得陕西买进东南中国的粮食等以补充本地生产的不足。另外的，明初推行的军屯卫所制度。军事后勤上，军队也通过这个贸易解决军马和粮食补给问题。可以说，该经济模式弥补了中国境内东南富西北贫的不均衡局面，形成一个南北循环的经济体系。
但是16世纪末到17世纪初，一方面是北半球气候周期性变冷，导致北方中国，特别是西北地区的干旱，破坏农业生产;更恶劣的情况是西北少数民族：蒙古瓦剌部以及青藏青海地区衰弱导致了茶叶贸易无法继续维持的境地（气候造成马匹，牲畜的产量降低，而且长期的贸易逆差导致西北部族缺乏能够交易的贵金属）。另外的则是产茶地区的变化，由于贸易下降，劣质茶叶生产的利润已不可取，导致茶叶庄园的劣质茶叶生产的败落，转向国内的优质茶叶生产则没有受到多大影响。各个方面的原因，导致了陕西为代表的中国西北地区经济状况急剧恶化，长期则造成百业萧条，军队战斗力下降的状况。 而奥斯曼帝国的崛起和新航路的开辟也开始作用于传统的贸易路线，打击了西北贸易。
