在 经世应务 思想 指导下，黄宗羲治史的特点，便是把重点放在近现代史的研究上，对他来说，所谓近现代史，就是宋、元、明史，特别是明史，他认为，《宋史》是元人脱脱领衔编 纂的，存在许多缺陷，例如不为南宋末代皇帝（宋端宗赵昰、末帝赵昺）专立 本纪 ，而且所记二帝事迹过于简略，说明元人不想显扬宋人抗元事迹，他尤其不满 《宋史》在 儒林传 外另立 道学传 ，故致书主持《明史》编纂的史馆诸公，批评说：
夫十七史以来，止有 儒林 ，以邹、鲁之盛，司 马迁但言《孔子世家》、《孔子弟子列传》、《孟子列传》而已，未尝加以 道学 之名也， 周、程诸子，道德虽盛，以视孔子，则犹然在弟子之列，入之 儒 林 ，正为允当，今无故而出之为 道学 ，在周、程未必加重，而于大一统之义乖矣，统天地人曰儒，以鲁国而止儒一人，儒之名目，原自不轻，儒者，成德之 名，犹之曰贤、曰圣也，道学者，以道为学，未成乎名也，犹之曰志于道，志道可以为名乎？欲重而反轻，称名而背义，此元人之陋也，且其立此一门，止为周、 程、张、朱而设，以门人附之，程氏门人，朱子最取吕与叔，以为高于诸公；朱氏门人，以蔡西山为第一，皆不与焉：其错乱乖谬无所折衷可知，圣朝秉笔诸公，不 自居三代以上人物，而师法元人之陋，可乎？
黄宗羲这一批评意见，被明史馆馆臣所一致认同，所以后来定稿的《明史》只列 儒林传 ，而 不再另立 道学传 或 儒学传 ，然而《宋史》 之陋 并未纠正，黄宗羲意欲重修《宋史》，因此辛苦奔波于江浙几个大藏书楼，如本乡祁氏旷园、昆山徐氏传 是楼、常州钱氏绛云楼等地收集了大量资料，但毕竟这是一项巨大工程，非一二学者所能完成，故其愿望未能实现，而只是编定了一部《宋史丛目补遗》，正如全祖 望《梨洲先生神道碑文》所说： 公尝欲重修宋史而未就，仅存《丛目补遗》三卷 ，而对于《明史》的编纂工作，黄宗羲虽然碍于其遗民身份而拒绝应聘去直接参 与官修《明史》，但他出于对保存一代历史的使命感，仍然同意让弟子万斯同、儿子黄百家参与修史，并向史馆提供了大量涉及明史的史料及其个人著作，还移书馆 臣，回答馆臣有关修史体例的咨询，对修史的体例、原则、方法提出指导性意见，他本人的修史实践，特别重视政治史和思想史的编纂，注重于历史上 治乱之故 的总结，故其史学著作，以记载明史最多，其次是宋元史，他编撰《明文案》、《明文海》、《明史案》、《明儒学案》以及《宋元文案》、《宋元学案》等，就体 现了上述修史的原则和特点。
黄宗羲史学思想的另一特点，就是着力表彰历史人物的气节和实际的功业，他在《赠编修弁玉吴君墓志铭》中， 尖锐地批评那些崇尚空谈、假名欺世者，说他们平时死背几条二程语录，便列伊、洛门下，混充儒者，反而讥刺那些料理财赋、整治边疆从事实务的人是粗材、俗 吏，只会以高谈阔论吓唬老百姓，一旦遇到国家为难，需要他挺身报国，他就张口结舌，如坐云雾之中，甚至在关键时刻变节求荣，这种人只是儒门败类，而那些在 实践中立功建业的人才值得尊敬和表彰，黄宗羲在其史学著作和许多墓志铭、诗文中着重表彰和歌颂的人，有的是抗暴安民不畏权奸的东林党人（如杨涟、左光斗、 黄尊素等），有的是历尽艰难、视死如归的抗清名将（如史可法、张煌言、郑成功等），有的是慷慨殉国或富有民族气节的历史人物（如宋代文天祥、谢翱等），有 的是 亡国而不失其正 的明朝遗民（如汪沨、谢泰阶等），有的则是深明大义、气节可嘉的普通妇女或义士侠客（如桐城方烈妇、王义士、陆周明等），至于那些 坚守民族气节的文人学士就更多了。
