在元代，由于对宗教采取宽容政策，所以最初对白莲教也较为尊重。这使得白莲教的组织遍布大江南北，支派甚多。因此，元朝政府对这个具有一定政治实体 的宗教开始禁绝。武宗时曾以“烧香惑众”为由，将北方白莲教教主韩学究自赵州栾城谪徙到广平永年县。韩学究以后，他的孙子韩山童继为教主，宣传天下大乱， “弥勒佛下生”、“明王出世”，将反元定为明确目标。
元末，黄河泛滥成灾。韩山童、刘福通、杜遵道等人就利用民工挖掘河道时的不满情 绪，准备发动起义。当时脱脱派工部尚书贾鲁负责疏通河道。贾鲁征发了15万民工日夜劳作，而朝廷派发的口粮又经常被监工们克扣，修河所用的物资也很少能发 到民工手上。结果将一项本来利国利民的好事，变成了祸国殃民的坏事，弄得天怒人怨。韩山童和刘福通两人为了能使起义成功，进行了周密的计划。他们先散播流 言说“明王即将出世”，然后造了一个独眼石人，在石人背上刻上了“莫道石人一只眼，此物一出天下反”的字样，再悄悄地将石人埋在了河道中。没多久，民工们 疏通河道时，果然挖出了此物，一时间人心惶惶，于是韩山童等人决定在白鹿庄聚义。韩山童则自称是“八世孙”，而刘福通也冒充是大将刘光世的后 裔。韩、刘两人的这种做法是在学当年“陈胜吴广”大泽乡起义的方法，利用迷信思想和人民对前朝的怀念进行鼓动，以达到师出有名的目的。他们还打出了恢复宋 朝统治的旗帜，计划在1351年5月初起事。
可是起义的消息却走漏了出去，元朝派兵镇压，韩山童被捕身亡，刘福通、杜遵道冲出重围。 刘福通等人冲出后，于当年阴历五月初三，在今安徽阜阳再次起兵，气势如洪水一般的元末农民大起义就在这一刻正式爆发了。因起义军头裹红巾，所以历史上称他 们为红巾军，而又因他们的前身是一个宗教组织，在打仗前总要烧香拜佛，所以也称为香军。
从红巾军起义的这一刻起，元朝的丧钟也就此敲响了。
